La gare couverte abrite 3 quais et 5 voies. Sa création est le résultat d’un accord signé entre l’Espagne et la France en 1864 pour faire du col des Balistres un axe ferroviaire entre les deux pays avec d’un côté la gare espagnole de Port Bou et de l’autre la gare française de Cerbère. A cette époque la commune de Cerbère n’existe pas. Elle sera une conséquence de l’implantation de la gare.