L'invasion de la Crète par les Ottomans commença en 1645. En 1648, ils occupaient la majorité de l'île où ils établirent une administration musulmane qui régna jusqu'à la révolte crétoise de 1866. ~~~~ Le soulèvement de 1866 cristallisa tous les mécontentements. Comme ce fut le cas à Alamo, des volontaires venus de tous les horizons (crétois, grecs et au-delà) convergèrent vers les lieux symboliques de résistance. Arkadi, ou nombre d'insurgés s'étaient réunis, fut désigné par Ismaïl Pacha, le chef musulman, comme la citadelle à abattre. L'arrivée des troupes ottomanes provoqua la fuite de la population et de nombreux habitants se réfugièrent dans le monastère.