Les derniers occupants de Monte Albán furent les Aztèques mais ils n’y ont pas laissé de traces significatives. Il semblerait que ces derniers envahisseurs aient eu des difficultés à dompter les Zapotèques et les Mixtèques encore sur place. Il est possible aussi que le site isolé et sans ressources n’ait pas, pour eux, mérité l’effort militaire qui aurait été nécessaire à une occupation durable.