San Cristobal est la plus ancienne des cités établies par les Espagnols au Chiapas. Elle a été fondée en 1528 par Diego de Mazariegos qui lui donna le nom de Villa Real. En 1539 elle devint le siège de l’évêché du Chiapas avec à sa tête Bartolomé de las Casas en hommage duquel la cité sera ensuite renommée San Cristobal de las Casas.