La légende veut que la ville ait été fondée au XIe ou au XIIe siècle par Manco Capac et Mama Ocllo deux frères nés dans le lac Titicaca. Avant l'arrivée des conquistadors, la ville était partagée en quatre quartiers, occupés par les Incas et des ressortissants des tribus de leur empire. Les principaux monuments dataient de l'Inca Pachacutec.