Contrairement aux autres sites incas l’assemblage de pierres parfaitement ajustées n’est utilisée qu’exceptionnellement au Machu Picchu. Les gros blocs de granite destinés aux constructions nobles proviennent de carrières situées dans la vallée et ont du être hissés en haut de la montagne. Les pierres de moindre qualité qui sont utilisées plus couramment ont été récupérées lors des travaux de remblaiement et sont tenues par du mortier ce que les Incas n’ont fait pratiquement nulle part ailleurs.