Les graines sont déposées dans des casiers de bois aérés, verticaux ou horizontaux, et recouvertes de sacs de jute. Elles sont brassées régulièrement pour obtenir une fermentation homogène. Sous l'action des levures et bactéries, la pulpe, sucrée, se décompose et produit un jus acide. Peu à peu les graines passent du violet au marron. L'odeur caractéristique du cacao apparaît.