Mais quelques semaines après sa nomination en 1977, l'assassinat par un escadron de la mort du jésuite Rutilio Grande, ami personnel de Romero, et de ses deux compagnons de voyage va tout changer. La mort en martyr du Père Rutilio bouleverse profondément le nouvel archevêque qui considérera que la mort de Grande l'a converti. Il dira : "Quand je vis Rutilio, étendu mort, j'ai pensé que s'ils l'avaient tué pour ce qu'il avait réalisé, alors moi aussi je devais avancer sur le même chemin."