L’histoire du site est confuse, pour ne pas dire obscure. La première occupation remonte à 1500 avant JC. Il s’agissait de villages isolés. Les constructions monumentales apparaissent entre –100 et 200 après JC. Entre 600 et 900 le site est occupé par les Zapotèques mais conserve une architecture de style Olmèque. Il devait beaucoup ressembler à Teotihuacán. Les Zapotèques abandonnent la cité dans les années 800 et fondent les villes-états indépendantes de Yagul et Mitla. Les Mixtèques arrivent alors et construisent une nécropole sur le site délaissé.