Querétaro fut aussi la ville où prit fin l’épopée de Maximilien de Habsbourg, empereur sans empire à qui Napoléon III avait promis de régner sur le Mexique. Arrivé sur place, Maximilien entreprit de réconcilier les deux partis qui s’y faisaient la guerre ce qui eut pour résultat d’unifier la totalité des Mexicains contre lui. Lâché par Napoléon III, trahi par ses alliés de circonstance, Maximilien se réfugia à Querétaro où il fut fusillé en 1867.